Universe at War: Earth Assault, bắt đầu vào năm 2012 khi một chủng tộc người ngoài hành tinh được gọi là Hierarchy đổ bộ lên Trái Đất để khai phá hành tinh này. Trước khi họ đổ bộ, các đài quan sát và các nhà khoa học trên Trái Đất đã đưa ra cảnh báo về người ngoài hành tinh nhưng loài người nói chung không thể tổ chức một mặt trận quân sự thống nhất chống lại các lực lượng ngoài hành tinh. Bởi vì Hierarchy có kinh nghiệm quân sự dày dặn từ việc xâm lược và phá hủy các hành tinh khác trong vũ trụ, loài người không thể chống lại lực lượng của họ.[1]

The Novus (một chủng tộc máy chiến đấu với Hierarchy để trả thù cho những người đã chết của họ) đến đúng lúc để cứu Washington, D.C. mà Quân đội Mỹ quyết tâm trụ lại đến cùng. Sau đó, họ tiến hành thiết lập căn cứ, sử dụng chiến thuật du kích để quấy rối Hierarchy trong khi điều tra lý do tại sao Hierarchy lại hoãn việc sử dụng vũ khí tối thượng của họ "Purifier", để tiêu diệt hoàn toàn mọi sự sống trên Trái Đất và tiến hành khai thác hành tinh này. Trong quá trình thực hiện các nhiệm vụ này, tư lệnh chiến trường Novus là Mirabel, một thành viên nhân bản của loài tạo ra Novus, tìm cách làm quen với Tướng Moore bên phe con người, chịu trách nhiệm lãnh đạo tàn quân Mỹ sau cuộc xâm lược ban đầu của Hierarchy, và cùng nhau họ có thể phát động một cuộc tấn công vào Material Conduit của Hierarchy và sử dụng nó để cho phép Mirabel lên một trong những tàu chỉ huy của họ, biết rằng Kamal Re'x, kẻ giám sát phụ trách đội quân Hierarchy trên Trái Đất đã cố tình trì hoãn việc kích hoạt Purifier nhùng dùng nó để tiêu diệt quân Novus khi họ đến Trái Đất trước khi đánh đắm tàu chỉ huy hòng thủ tiêu Mirabel. Cô cố gắng thoát khỏi con tàu bị rơi nhưng không thể cảnh báo quân Novus trước khi họ tiến hành cuộc tấn công vào căn cứ chỉ huy của Novus, làm hỏng cánh cổng mà Novus định sử dụng để quay trở lại Trái Đất và buộc thủ lĩnh Novus, chỉ được biết đến với cái tên Founder, hy sinh bản thân để ngăn nó phát nổ và phá hủy những gì còn lại của quân Novus.

Với việc cổng Novus bị phá hủy và lực lượng của họ bị phân tán, Kamal ra lệnh cho Purifier được chuẩn bị để kích hoạt, tuy nhiên, trong khi đánh lạc hướng Novus khỏi Purifier, tư lệnh chiến trường Hierarchy tên Orlok vô tình phát hiện ra một báo động cổ xưa trong các kim tự tháp Ai Cập, và Masari, ngủ yên bên dưới đại dương của Trái Đất, bắt đầu thức giấc. Mặc dù tàu mẹ Masari ban đầu tạo ra một tín hiệu ngăn cản việc sử dụng Purifier, Hierarchy bắn phá con tàu từ quỹ đạo và Orlok lên tàu để phá hủy các thiết bị truyền tín hiệu gây nhiễu.

Orlok, kẻ nghi ngờ ý định của Kamal chuẩn bị tách ra khỏi những người khác theo dõi anh ta. Nufai, một điệp viên làm việc cho Kamal, từng là một phần của giống loài mà kể từ đó Hierarchy đã loại bỏ. Anh ta nói với Orlok rằng anh ta sẽ rất vui khi lật đổ chế độ của Kamal, vì vậy Nufai được cử đến để bảo vệ Purifier trong khi Orlok cố gắng liên minh với nữ hoàng Masari, nhưng thay vào đó lại tìm thấy con trai bà là Hoàng tử Zessus. Hoàng tử và lực lượng của anh ta tham gia cùng Orlok khi anh ta cố gắng chiếm một trung tâm liên lạc để liên hệ với những người khác muốn tách khỏi Hierarchy. Nhưng Kamal Re'x xuất hiện với một lực lượng lớn quân đội, và Orlok gần như đánh bại hắn, nhưng Nufai xuất hiện và giúp Kamal tiêu diệt Orlok, tiết lộ rằng anh ta từng làm việc cho Kamal trong suốt thời gian qua. Nufai được bổ nhiệm làm chỉ huy và họ bắt đầu sử dụng Purifier để phá hủy Trái Đất. Hoàng tử Zessus bị bắt nhưng được một người lính giải cứu đang tìm cách trốn thoát. Họ tìm thấy nhiều người hơn bị bắt trong các trại giam khác và gia nhập lực lượng cùng mình.

Trong khi đó, Nữ hoàng Masari quan tâm đến con trai mình và số phận của hành tinh. Masari rất tức giận khi họ thức dậy chỉ để thấy kẻ thù không đội trời chung Hierarchy, hiện diện trên Trái Đất và phi thuyền mẹ của họ bị phá hủy. Vì vậy, Masari không có lòng trung thành và sẵn sàng tiêu diệt bất kỳ và tất cả các phe phái khác để trả thù những kẻ đã phá hủy nền văn minh và ngôi nhà được nhận nuôi của họ. Sau đó, Novus tiếp cận nữ hoàng và thề trung thành khác, được nữ hoàng chấp nhận. Hai đội quân sau đó tấn công tất cả các căn cứ của Hierarchy trên Trái Đất. Khi đến Nam Mỹ, họ tìm thấy Zessus, người thông báo rằng anh ta đã kết bạn với loài người. Cuối cùng, liên quân Masari, Novus và loài người tấn công và phá hủy Purifier. Kamal Re'x cảm thấy bị xúc phạm và cố gắng tự mình tiêu diệt liên quân, nhưng thất bại ngay lập tức.

Các bên tranh cãi về việc phải làm gì với Kamal Re'x, loài người và Novus muốn giết hắn vì những thiệt hại mà hắn gây ra cho thiên hà và Trái Đất. Nhưng nữ hoàng Masari nói rằng cái chết không phải là câu trả lời. Sau đó, nữ hoàng dường như trao cho Kamal sức mạnh của một vị thần mà hắn sử dụng để tiêu diệt tất cả, ít nhất là trong mắt Kamal. Nữ hoàng đành tiết lộ là đã thực sự nhốt Kamal trong tâm trí của chính mình, nơi hắn ta hình dung ra ai đó đang chinh phục thiên hà, nhưng không bao giờ có thể tự mình thực hiện được. Hắn đã bị nhốt trong nhà tù của chính tâm trí mình, mãi mãi.